Α΄ Περίοδος (1638 – 1800)
Ἵδρυση τῆς Μονῆς. Στήν ἀνωτέρω λοιπόν τοποθεσία ὑπῆρχε ἀπό τόν 15ο αἰ. σχεδόν ἐρειπωμένος ναός τιμώμενος στό ὄνομα τῆς Παναγίας ὁ ὁποῖος εἶχε τήν προσωνυμία Χρυσοπηγή ἤ Πανάχραντος Χρυσοπηγή ἤ Κυρία Χρυσῆ Πηγή, πού στίς ἀρχές τοῦ 17ου αἰ. ἀνῆκε στόν ἱερέα τῆς Ναούσης Χριστόφορου Κορφιάτη, μετά τό θάνατο τοῦ ὁποίου ἡ πρεσβυτέρα του, σέ πολύ γεροντική ἡλικία, τόν παραχώρησε τόν ἐγγονό της ἱερέα Χριστόφορο Παλαιολόγο, μέ τόν ὅρο νά ἀνεγείρει αὐτόν καί νά ἱδρύσει μοναστήρι, ὅπου ὁ ἴδιος καί ἄλλοι μοναχοί θά ἐμόναζαν. Τό 1638, λοιπόν, ὁ Χριστόφορος Παλαιολόγος γίνεται ὁ κτήτωρ τοῦ ναοῦ, τόν ὁποῖο ὅμως ἐπισκεύασε ὁ ἀδελφός του ἱερομόναχος Ἰωακείμ Παλαιολόγος καί συγχρόνως γίνεται, προφανῶς, σέ λίγα χρόνια ἱδρυτής νέας μονῆς στήν Πάρο καί ὁ πρῶτος της ἡγούμενος. Μέ τήν ἐργατικότητά του, ἀλλά καί μέ τήν διοικητική καί ὀργανωτική ἱκανότητα πού τόν διέκρινε, κατόρθωσε νά ὑψώσει τή Μονή καί νά τήν καταστήσει γνωστή καί ὑπολογίσιμη μοναστική δύναμη στόν ἑλλαδικό χῶρο. Γι’ αὐτό καί μέ τό σιγίλλιο τῆς 6ης Αὐγούστου 1652 τοῦ Πατριάρχη Κωνσταντινουπόλεως Παϊσίου Α΄ ἐπιχορηγήθηκε ἡ σταυροπηγιακή καί πατριαρχική της αξία.
Κατά τήν πρώτη περίοδο ἡγούμενοι τῆς Μονῆς διετέλεσαν ἐπίσης οἱ: α) ὁ ἱερομόναχος Χρύσανθος (1689 – 1696), κατά τήν ἡγουμενία τοῦ ὁποίου ἡ Μονή εἶχε φθάσει σέ ζηλευτό σημεῖο ἀκμῆς καί προόδου, τόσο ἀπό τή διαβίωση μοναχῶν, ὅσο καί ἀπό δωρεές κτημάτων τῶν ἰδίων ἀλλά καί λαϊκῶν, β) ὁ ἱερομόναχος Παρθένιος (1696 – 1751), τοῦ ὁποίου ἡ περίοδος ἡγουμενίας παραμένει σκοτεινή λόγῳ ἐλλείψεως πηγῶν, γ) ὁ ἱερομόναχος Νεόφυτος Καλουδᾶς (1751 – 1787), ὅπου παρατηρεῖται ἀναγέννηση τῆς Μονῆς καί ἀξιόλογα ἔργα ἐπιτελοῦνται, καί δ) ὁ ἱερομόναχος Ἰωαννίκιος Ραγκούσης (1788 – 1800), κατά τό διάστημα τῆς ἡγουμενίας τοῦ ὁποίου ἡ Μονή βρισκόταν στή μεγίστη ἀκμή της.
Παρακμή καί ἐρήμωση τῆς Μονῆς (1800 – 1825). Ἡ ἀκμή καί ἡ ἀκτινοβολία τῆς Μονῆς ἔμελλε, μέ τήν κοίμηση τοῦ Ἰωαννίκιου Ραγκούση, νά διακοπεῖ ἀπότομα καί ἡ Λογγοβάρδα να ἀκολουθήσει τό δρόμο τῆς ἐρημώσεως καί παρ’ ὁλίγο τῆς τελείας ἐρειπώσεως τοῦ μνημείου, μέ κύρια αἰτία τή διαρπαγή τῆς περιουσίας της ἀπό τούς προκρίτους τῆς Νάουσας.
Β΄ Περίοδος (1825 – 1930)
Ἀναγέννηση καί ἀκτινοβολία τῆς Μονῆς. Τή μεγάλη αὐτή περίοδο τῆς Μονῆς ἐγκαινιάζουν οἱ περίφημοι ἱερομόναχοι ἀπό τήν Πελοπόννησο Φιλόθεος Γεωργίου καί Ἱερόθεος Ἰ. Βοσυνιώτης, ἡ ἄφιξη τῶν ὁποίων στήν Πάρο δέν ἦταν προγραμματισμένη ἀπό τούς ἴδιους ἀλλά ἀπό τόν Θεό. Διότι ἀναγκάστηκαν νά διακόψουν τό πολύτιμο ἔργο τους στήν ἀνακαινισθεῖσα ἀπό αὐτούς Ἱ. Μονή Ζωοδόχου Πηγῆς τῶν «Ἀρωμάτων» Κυνουρίας, λόγῳ τῆς ἐπιδρομῆς τοῦ Ἰμπραήμ Πασᾶ, καί γιά νά γλυτώσουν ἀναχώρησαν μέ κατεύθυνση τήν Ἰκαρία. Περνώντας ἀπό τήν Πάρο, στάθμευσαν στή Νάουσα γιά νά ἐπισκεφθοῦν τόν Ἰωάσαφ Κοντό, παλαιό γνώριμο τοῦ Φιλοθέου ἀπό τό Ἅγιο Ὄρος καί ἡγούμενο τῆς Ἱ. Μ. Ἁγ. Χαραλάμπους Πάρου. Ὁ Ἰωάσαφ μαζί μέ τόν ἱερομόναχο Κύριλλο Παπαδόπουλο, ἡγούμενο τῆς Ἱ. Μ. Ἁγ. Γεωργίου Λαγκάδας Πάρου, μεσολάβησαν στούς προκρίτους τῆς Ναούσης, οἱ ὁποῖοι μέ προθυμία παραχώρησαν τή Μονή Λογγοβάρδας στόν Φιλόθεο καί τή συνοδεία του γιά μόνιμη ἐγκατάσταση.
Σταθμό στήν ἱστορία τοῦ μοναχισμοῦ καί στήν ἱστορία τῆς Πάρου σημειώνει ἡ νέα αὐτή περίοδο τῆς Λογγοβάρδας, ἡ ὁποία δίκαια ὀνομάστηκε “χρυσοῦς αἰών” τῆς Μονῆς. Κατά τήν πολυετή αὐτή πορεία πολλά πραγματοποιήθηκαν. Καί ὅλα μέ τή συμβολή καί τῶν μοναχῶν, πού ἐργάζονταν ἄοκνα καί ἀποδοτικά. Ὅλοι μετεῖχαν στά κοινά ἔργα, μέ πρωτοφανῆ ἐνθουσιασμό, ὑπακούοντας στό διοικητικό καί ὀργανωτικό πνεῦμα τοῦ Φιλοθέου Α΄ καί ἀκολούθως τοῦ Ἱεροθέου Α΄. Ἀνακαινίστηκαν «ἐκ βάθρων» τά ἐρειπωμένα κελλιά, ἐπισκευάστηκαν τά ὑπάρχοντα κτίσματα καί κτίστηκαν νέα στή δυτική πλευρά, ἔγινε ἐκβραχισμός τῆς νότιας πλευρᾶς, κατασκευάστηκαν δεξαμενές βρόχινου νεροῦ, κτίστηκαν ἀνεμόμυλος, ἐλαιοτριβεῖο, πατητήρι και ρακιδειό, ἀγόρασαν δέ ἀμπέλια, ἀγρούς, «ἡμιόνους, τετράποδα καί αἰγοπρόβατα…» κ.ἄ.
Κατά τήν δεύτερη περίοδο ἡγούμενοι τῆς Μονῆς διετέλεσαν οἱ α) Φιλόθεος Α΄ Γεωργίου (1825 – 1860), ἡ «πνευματικομάννα», δηλαδή πρύτανης τῶν ἐξομολόγων, κατά τόν ἅγιο Ἀρσένιο τόν ἐν Πάρῳ, β) ὁ Ἱερόθεος Α΄ Βοσυνιώτης (1860 – 1887), προικισμένος ἀπό τόν Θεό μέ τό χάρισμα τῶν «σημείων καί τεράτων», «ὅντινα ηὐλόγει ἦτο εὐλογημένος καί ὅντινα κατηρᾶτο ἦτο κατηραμένος», γ) ὁ Ἰωακείμ Ἄγουρος (1865 – 1868), τύπος ἐγκρατευτοῦ καί πιστοῦ τηρητοῦ τῶν κανόνων τῆς κοινοβιακῆς μοναχικῆς πολιτείας, δ) ὁ Φιλόθεος Β΄ Βοσυνιώτης (1887 – 1905), ἀντάξιος τῶν προκατόχων του στή φιλοπονία, στήν ἐγκράτεια, στήν τήρηση τῶν κανόνων, στίς ἐλεημοσύνες, στήν πραότητα, στήν ὀργάνωση τῆς Μονῆς, διακρίθηκε στήν ζωγραφική, καί ε) ὁ Ἱερόθεος Β΄ Βοσυνιώτης (1905 – 1930), ὁ ὁποῖος συνετέλεσε στήν περαιτέρω ἀκμή καί αἴγλη καί ἀνύψωση τῆς Μονῆς καί ὑπῆρξε «τύπος καί ὑπογραμμός», πρότυπο ἐναρέτου ἀνδρός, κοσμούμενος μέ ἀρετές καί χαρίσματα πνευματικά.
Ἡ Γ΄ Περίοδος (1930 – 1980).
Ἡ ἀκτινοβολία συνεχίζεται γιά μισό αἰώνα. Μετά τήν κοίμηση τοῦ Ἱεροθέου Β΄ Βοσυνιώτη, στίς 13 Ἰανουαρίου 1930, τά ἡνία τῆς διακυβερνήσεως ἀνέλαβε ἐπάξια ὁ ἀρχιμ. Φιλόθεος Γ΄ Ζερβάκος, σέ ἡλικία 46 ἐτῶν. Ὁ π. Φιλόθεος ὑπῆρξε μία κορυφαία μορφή τοῦ ὀρθόδοξου μοναχισμοῦ. Πρᾶος καί πλήρης Πνεύματος ἁγίου. Μαθητής καί πνευματικό παιδί τοῦ ἁγ. Νεκταρίου, ἐβάδισε στά ἴχνη τοῦ ἁγ. Ἀρσενίου καί κατέστη «ἁπάντων τῶν ἁγίων ὁμόσκηνος» καί τῶν «πιστῶν Παρίων τό ἀγλάϊσμα». Ἐπί μισό ἀκριβῶς αἰώνα, ὡς ἡγούμενος ἄφησε ἐποχή στήν ἱστορία τῆς Μονῆς, ἀλλά καί τῆς Πάρου, ἐπειδή ἡ δραστηριότητά του δέν περιοριζόταν στά στενά πλαίσια τῶν δραστηριοτήτων μιᾶς μονῆς. Ὀργανωτικό καί διοικητικό πνεῦμα, δεινός κήρυκας τοῦ θείου λόγου, πνευματικός ἀπό τούς ὀνομαστούς τῆς Ἑλλάδος (ἐξομολογοῦσε πολιτικούς, μητροπολίτες, καθηγητές πανεπιστημίου, στρατιωτικούς, ἐπιστήμονες κ.ἄ.), ἱδρυτής ναῶν καί μονῶν, κοινωνικός καί ἐθνικός ἐργάτης, φιλάνθρωπος, συγγραφεύς κ.ἄ.
Ἐπί τῆς ἡγουμενίας τοῦ π. Φιλοθέου πραγματοποιήθηκαν σπουδαῖα ἔργα (ἀγορές κτημάτων, ἐπισκευές κτηρίων, κτίσεις ναῶν και μονῶν, διάφορες προσφορές σέ ποικίλα ἔργα κ.ἄ.), ἐνῶ παρατηρήθηκε ἀθρόα προσέλευση μοναχῶν στή Μονή, ὥστε νά ἀριθμεῖ, πρό τῆς Κατοχῆς, σαράντα τρεῖς μοναχούς καί δοκίμους. Δίκαια λοιπόν τήν περίοδο 1930 – 1980 μποροῦμε νά τήν ὀνομάσουμε Χρυσό Αἰώνα τῆς Μονῆς.
Μετά τήν κοίμηση τοῦ π. Φιλοθέου τήν ἡγουμενία ἀνέλαβε ὁ ὑπέργηρος ἱερομόναχος καί πνευματικός π. Δαμιανός Κωστόπουλος, τόν ὁποῖο τό 1983 διαδέχθηκε ὁ ἱερομόναχος Ἱερόθεος Νικολάκης, ὁ ὁποῖος σήμερα ζεῖ στή Νάξο ἀπ’ ὅπου καί κατάγεται, ἐνῶ τελευταῖος ἡγούμενος εἶχε ἀναλάβει ὁ ἱερομόναχος π. Ἐπιφάνιος Χατζόπουλος, ὁ ὁποῖος ἀπεδήμησε πρός Κύριον τήν Πέμπτη 19 Ἀπριλίου 2001.